生物质锅炉燃烧时容易结焦，就是燃料燃烧后产生的灰渣在炉膛或炉排上结成硬块，影响传热，还可能堵塞炉排缝隙，导致通风不好，所以要做好防结焦措施。首先要选合适的燃料，避免用含硫量高、灰熔点低的燃料，比如有些秸秆含硫量高，燃烧后容易结焦，尽量选生物质颗粒或经过处理的秸秆压块，灰熔点在 1200℃以上的比较好。​
然后要控制燃烧温度，燃烧温度太高容易导致灰渣融化结焦，所以要调整锅炉的配风比例，让空气和燃料充分混合，在保证燃烧充分的前提下，避免局部温度过高，一般生物质锅炉的炉膛温度控制在 800-1000℃比较合适，不要超过 1100℃。​
还要定期清理炉膛和炉排，每天运行结束后，要清理炉膛里的积灰和少量结焦，用专用的清理工具把结焦敲碎清除，避免结焦堆积越来越厚。要是锅炉有二次风装置，要保证二次风正常供应，二次风能扰动炉膛内的气流，让温度分布更均匀，减少局部高温结焦的情况。另外，不要让锅炉长时间超负荷运行，超负荷会导致燃烧温度升高，增加结焦风险。