电加热锅炉运行成本主要是电费，想降低成本，首先可以利用峰谷电价，很多地区实行峰谷电价，低谷时段（比如晚上 10 点到早上 6 点）电费比高峰时段便宜一半甚至更多，要是用热需求允许，比如供暖可以在低谷时段多加热，把水或导热油加热到更高温度，储存在保温水箱或油箱里，高峰时段用储存的热量，减少高峰时段的用电量。​
然后要做好保温，锅炉的本体、管道、水箱都要做好保温，用保温棉或保温套包裹，减少热量散失，比如管道没有保温，每 100 米管道每小时可能会散失几十大卡的热量，做好保温后能减少 30% 以上的热量损失，间接降低电费。​
还要合理控制用热温度，不需要太高温度时，别把锅炉温度设得太高，比如供暖时，室内温度需要 20℃，锅炉水温设到 50℃就够，设到 60℃不仅浪费电，还会让室内温度过高不舒服。另外，定期清理电加热管上的水垢或油垢，水垢会影响传热，让电加热管需要更长时间才能达到设定温度，增加耗电，所以每 3-6 个月清理一次，能保持电加热管的传热效率。